Les recettes de l’Agence proviennent du domaine routier et sont utilisées pour le financement de tous les modes de transport, sauf le secteur aérien.
Les recettes normale de l'Agence s’établissent de la manière suivante :
  • une part du produit de la taxe intérieure de consommation sur les produits énergétiques (TICPE), entre 1,2 et 1,6 Md€/an (sur une recette totale TICPE de l’ordre de 40 Md€/an) ;
  • les versements des sociétés concessionnaires d’autoroutes, pour environ 1 Md€/an, qui comprennent :
    • la redevance domaniale qui est calculée sur l’emprise des autoroutes concédées de l’ordre de 365 M€/an ;
    • une partie de la taxe d’aménagement du territoire (TAT) qui est calculée sur la base du trafic autoroutier de l’ordre de 570 M€/an (plafonnée à 610 M€) ;
    • une contribution volontaire exceptionnelle qui a été négociée en 2015 en lien avec un allongement de la durée des concessions actuellement de 60 M€/an (1,2 Md€ au total)
  • une part du produit des amendes - radars automatiques (entre 160 et 300 M€/an)

Par ailleurs, dans le cadre de la mise en œuvre du volet ‘transport’ du Plan de relance (549 M € en 2021, pour un total qui devrait atteindre de l’ordre de 2,5 Mds €), l’Agence reçoit les dotations budgétaires appropriées.

La nature des recettes de l’Agence a évolué depuis sa création :

A l’origine, en 2004, les recettes de l’Agence devaient être assurées par les dividendes que recevait l’État pour sa participation dans les SEMCA (Sociétés d'Économie Mixte concessionnaires d’Autoroutes). En 2005, quand l'État a vendu ses parts dans les SEMCA, cette source de financement s’est tarie. L'Agence a toutefois perçu 4 Md€ sur le produit de ces ventes. 

D'autres ressources spécifiques ont donc commencé à se mettre en place : la redevance domaniale et la TAT (versées par les SCA), ainsi qu’une part des amendes-radars. Sur la période 2009-2014, des dotations budgétaires sont venues en renfort afin de couvrir les besoins de dépenses de l’Agence.

Une nouvelle ressource spécifique était envisagée avec la mise en place de l’écotaxe, mais ce projet a été abandonné.

A partir de 2015, un renforcement significatif des ressources de l’Agence est provenu de l’affectation d’une part des revenus de la TICPE. A partir de 2015, l’Agence a aussi commencé à toucher la contribution volontaire exceptionnelle versée par les SCA.

Enfin, la loi de finances pour 2020 a prévu une contribution du secteur aérien de l’ordre de 460 millions d’euros en année pleine. Mais, à cause du fort ralentissement du trafic aérien pendant la crise sanitaire, cette contribution n’a pas encore été mise en place.Un retour ponctuel à une dotation budgétaire est donc intervenu en 2020 (250 M€).